Название форта происходит от имени дона Франсиско де Сегура, представителя испанского королевства. Он возглавлял постройку укреплений в Санто-Доминго, согласно проекту Хуана Батисты Руджеро – инженера родом из Италии.
Строительство началось в 1678 году, а закончилась постройка великого форта лишь в 1844 году, открытие состоялось 27 февраля. Каменное укрепление сдерживало всевозможные попытки захвата столицы с тыльной стороны. Его считают единственным фортом, который находится в таком отдалённом районе Сан-Карлоса.
Страшнейшим годом в жизни Форта Консепсьон стал 1904 год. Он увенчался беспощадным пожаром, испепелившего легендарные строения. Тем не менее, в разрушенном виде он простоял недолго. Через год упорных реставрационных работ его восстановили полностью. Также спасли ворота Лемба, которые были украшены арками и анфиладами.
В настоящее время можно насладиться прогулкой по территории Форта Консепсьон, осмотрев величавые сторожевые башни, пушечный пандус и подход рампы.