Загонную пещеру можно найти в известняке кораллового происхождения в пределах пудловского яруса верхнего силура, известняки эти содержат фауну брахиопод. В пещеру ведут три входа, протяженность ее составляет 38 метров, высота достигает 2,2 метров, а ширина – 12-ти.
Полость объявлена природным памятником геологического характера краевого значения и культурно-археологическим памятником.
Загонная пещера интересна с точки зрения богатства животного мира, а точнее, находок остатков былой фауны – костям носорога, лошади, оленя, ламы, тигра, медведя, зайца, пищухи, горностая и других зверей.
Археологи пришли к выводу, что такое обилие остатков связано с палеологической стоянкой. У пещерного портала найдены костровище и обломки факелов. На пещерном полу помимо остатков костей находились каменные предметы: отщепы, нуклевидные фрагменты, свалы. Был обнаружен концевой скребок и пластинный обломок, по всей видимости, являвшийся наконечником дротика. Стоянку датируют промежутком между временами палеолита и раннего железа. О пещере упоминается в литературных изданиях с 1786 года, когда на Алтай приезжал русский естествоиспытатель академик Паллас. Основательное исследование пещеры провели Кулибин и Геблер.
Загонная труднодоступна для туристических визитов, но прекрасно подходит для научных археологических изысканий.
Пещера Летучих мышей расположена несколько выше, ее протяженность достигает 90 метров. Полость примечательная колонией остроухой ночницы, обитающей в недрах пещеры. Родиной летучих зверьков являются Индия и Египет, этот вид занесен в Красную книгу России, а сей ареал обитания остроухой ночницы – единственный северный в стране, обычно летучие мыши выбирают климат потеплее. На зиму зверьки перемещаются в пределы Нубинской пещеры. Эту колонию нашел в 1951 году небезызвестный краевед и ученый геолог Розен, по его словам численность рукокрылых созданий достигала десятки тысяч. Именно с тех пор пещера носит имя «Пещеры летучих мышей».
Известна полость отложениями, в коих содержатся остатки млекопитающих плейстоцена. А также здесь были найдены следы первобытных людей эпохи палеолита.
Пещера летучих мышей носит статус природного памятника федерального значения.